Ο ΕΛΚΕ εφαρμόζει εσωτερικά συστήματα, διαδικασίες και μηχανισμούς παρακολούθησης της εκτέλεσης των προϋπολογισμών των έργων που υλοποίει, βάσει των αρχών της διαφάνειας και της χρηστής δημοσιονομικής διαχείρισης
Η τήρηση των λογιστικών βιβλίων και η σύνταξη των προβλεπόμενων χρηματοοικονομικών καταστάσεων γίνεται σύμφωνα με το Ν. 4308/2014.
Ποσοστό μέχρι είκοσι πέντε τοις εκατό (25%) του συνολικού προϋπολογισμού των έργων που χρηματοδοτούνται και υλοποιούνται μέσω του ΕΛΚΕ και από οποιονδήποτε πόρο του, όπως το ποσοστό αυτό καθορίζεται από την Επιτροπή, την απόφαση ή τη σύμβαση χρηματοδότησης του έργου και στο πλαίσιο που θέτουν οι φορείς χρηματοδότησης και ο Οδηγός Χρηματοδότησης και Διαχείρισης, κρατείται για έξοδα λειτουργίας του ΕΛΚΕ και το λειτουργικό κόστος του ΑΕΙ και αποτελεί έσοδο του ΕΛΚΕ.
Για τα έργα/προγράμματα που εκτείνονται πέραν του έτους, το υπόλοιπο ταμειακών διαθεσίμων τους που δεν έχει χρησιμοποιηθεί μέχρι το τέλος του οικονομικού έτους, μεταφέρεται στο επόμενο οικονομικό έτος για να καλυφθούν δαπάνες που πραγματοποιούνται στο πλαίσιο των παραπάνω έργων-προγραμμάτων, με απόφαση της Επιτροπής Ερευνών του ΕΛΚΕ. Η απόφαση της Επιτροπής Ερευνών του ΕΛΚΕ κοινοποιείται στον ΓΔΟΥ του Υπουργείου Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων.
Η διεκδίκηση οφειλόμενων στον ΕΛΚΕ ποσών από εκτέλεση έργων πρέπει να αποστέλλεται στον ΕΛΚΕ με σαφή αποδεικτικά στοιχεία.
Τα περιουσιακά ταμειακά διαθέσιμα του ΕΛΚΕ, ύστερα από εισήγηση της Επιτροπής και απόφαση της Συγκλήτου του ΑΕΙ, μπορούν να χρησιμοποιούνται για να αναλαμβάνονται υποχρεώσεις σε βάρος του προϋπολογισμού έργων /προγραμμάτων του ΕΛΚΕ για δαπάνες για κτιριακές υποδομές του ΑΕΙ, για αγορά και συντήρηση ερευνητικού και εκπαιδευτικού εξοπλισμού, για ταμειακές διευκολύνσεις των εκτελούμενων έργων/προγραμμάτων, για αυξήσεις μετοχικού κεφαλαίου εταιρειών που ανήκουν κατά πλειοψηφία στο οικείο ΑΕΙ, για κάλυψη δημοσιονομικών διορθώσεων, νόμιμων και μη επιλέξιμων δαπανών και για εκτέλεση δικαστικών αποφάσεων και δικαστικών δαπανών. Ποσοστό έως 5% των περιουσιακών ταμειακών διαθεσίμων, ύστερα από εισήγηση της Επιτροπής και απόφαση της Συγκλήτου του ΑΕΙ, μπορούν να χρησιμοποιούνται για να αναλαμβάνονται δαπάνες σε βάρος του προϋπολογισμού έργων / προγραμμάτων του ΕΛΚΕ για δαπάνες υποτροφιών και ερευνητικών / εκπαιδευτικών προγραμμάτων νέων επιστημόνων, ανδρών και γυναικών. (Ν. 4485/2017, άρθρ.59, παρ. 8).