Ο τακτικός έλεγχος της οικονομικής διαχείρισης του ΕΛΚΕ, καθώς και ο έλεγχος των χρηματοοικονομικών καταστάσεων, σύμφωνα με τα Ενιαία Λογιστικά Πρότυπα (ΕΛΠ), πραγματοποιούνται κάθε χρόνο από ορκωτό ελεγκτή, άνδρα ή γυναίκα. Οι δαπάνες ελέγχου βαρύνουν τον ΕΛΚΕ.
Ο έλεγχος ενεργείται με βάση τα προβλεπόμενα από τα ΕΛΠ παραστατικά, καθώς και τυχόν σχετικές αποφάσεις της Συγκλήτου και της Επιτροπής του ΕΛΚΕ, τα οποία τηρούνται για κάθε πραγματοποιούμενη δαπάνη και χωριστά για κάθε εκτελούμενο έργο.
Το διαχειριστικό έτος του ΕΛΚΕ συμπίπτει με το οικονομικό έτος.
Οι ορκωτοί ελεγκτές, άνδρες και γυναίκες που ασκούν τον τακτικό έλεγχο οικονομικής διαχείρισης του ΕΛΚΕ συντάσσουν έκθεση για τη διαχείριση και τον απολογισμό του διαχειριστικού έτους που έληξε σύμφωνα με τα ΕΛΠ.
Οι εκθέσεις υποβάλλονται στον/στην Υπουργό Παιδείας, Έρευνας και Θρησκευμάτων, τον/την Υπουργό Οικονομικών, στη Γενική Διεύθυνση Δημοσιονομικών Ελέγχων του Υπουργείου Οικονομικών, το Ελεγκτικό Συνέδριο, τη Σύγκλητο του ΑΕΙ και την Επιτροπή Ερευνών και Διαχείρισης του οικείου ΕΛΚΕ.
Είναι δυνατή η διενέργεια έκτακτων ελέγχων από τη Γενική Διεύθυνση Δημοσιονομικών Ελέγχων του Υπουργείου Οικονομικών.