Σύμφωνα με το πολυνομοσχέδιο: «Επείγουσες διατάξεις για την εφαρµογή της συµφωνίας δηµοσιονοµικών στόχων και διαρθρωτικών µεταρρυθµίσεων και άλλες διατάξεις», όλες οι πληρωμές του ΕΛΚΕ που αφορούν υπόχρεους σε απογραφή θα γίνονται μέσω της Ενιαίας Αρχής Πληρωμών.
Όλα τα παραστατικά που έχουν εκδοθεί στον ΑΦΜ του Ειδικού Λογαριασμού Κονδυλίων Έρευνας πρέπει να έχουν προσκομισθεί στον ΕΛΚΕ το πολύ σε 30 ημέρες από την έκδοσή τους. Κάθε τιμολόγιο που θα κατατίθεται εκπρόθεσμα στον ΕΛΚΕ δεν θα διεκπεραιώνεται προς πληρωμή και ο ΕΛΚΕ θα αποστέλλει επιστολή προς τον/την προμηθευτή/-τρια με την οποία θα του/της επιστρέφει το τιμολόγιο με κοινοποίηση στον/στην Ε.Υ.
Είναι υποχρεωτικό σύμφωνα με τα Ελληνικά Λογιστικά Πρότυπα (ΕΛΠ), να καταχωρούνται όλα τα παραστατικά (ακόμα και αυτά τα οποία δεν μπορούν να εξοφληθούν, είτε γιατί το πρόγραμμα δεν έχει ταμειακό υπόλοιπο, είτε γιατί ο/η προμηθευτής/-τρια δεν έχει ενημερότητες κ.λπ. ή αυτά για το οποία έχει εκδοθεί πιστωτικό τιμολόγιο για το σύνολο της αξίας). Η εξόφλησή τους θα γίνεται είτε με τον αριθμό πρωτοκόλλου τους είτε με έγγραφο του/της Ε/Υ όπου θα αναφέρεται η σειρά της εξόφλησης που επιθυμεί.
Αν ο ΦΠΑ της δαπάνης δεν είναι επιλέξιμος στο πρόγραμμα, ο/η Ε/Υ με την υποβολή του παραστατικού θα ενημερώνει εγγράφως τον ΕΛΚΕ για τον τρόπο που θα πληρωθεί ο ΦΠΑ που αναλογεί στο συγκεκριμένο παραστατικό.
Δεν δύναται να μεταφερθεί δαπάνη από πρόγραμμα σε πρόγραμμα, με εξαίρεση τυχόν κρινόμενες από το φορέα χρηματοδότησης ως μη επιλέξιμες.
Δεν επιτρέπεται η εξόφληση τιμολογίου εσωτερικού- από τον/την Ε/Υ ή από μέλος της ομάδας έργου- αξίας μεγαλύτερης από 150€ διότι, σύμφωνα με το τον Ν. 4172/2013 άρθρο 64, πρέπει να γίνονται οι αντίστοιχες κρατήσεις φόρου εισοδήματος που αφορούν τον/την προμηθευτή/-τρια. Εξαιρούνται τα τιμολόγια που αφορούν έκδοση εισιτηρίων, τιμολόγια εκτελωνισμού, τιμολόγια εξωτερικού, εγγραφές σε συνέδρια και λογαριασμοί κινητής τηλεφωνίας. Κατά την εξόφληση του παραστατικού θα πρέπει να έχουν γίνει οι απαραίτητες κρατήσεις υπέρ Α.Ε.Π.Π. Τα παραστατικά να θα πρέπει να έχουν εκδοθεί στα στοιχεία του ΕΛΚΕ.
Γίνεται δεκτή Απόδειξη Λιανικής Πώλησης (Α.Λ.Π.) αξίας έως 150€ αρκεί να αναγράφεται η περιγραφή του είδους που αγοράστηκε, αν από τα στοιχεία του/της εκδότη/-τριας δεν δικαιολογείται η αγορά αυτού του είδους. Για παράδειγμα, η αγορά τόνερ από ένα κατάστημα λιανικής πώλησης γίνεται δεκτή μόνο όταν στην ΑΛΠ αναγράφεται και το είδος.
Όταν το τιμολόγιο αφορά γεύμα, είναι απαραίτητο να συνοδεύεται με λίστα συμμετεχόντων και πρόσκληση για την εκδήλωση που πραγματοποιήθηκε.
Κάθε δικαιούχος – προμηθευτής/-τρια πρέπει να είναι ενήμερος/-η φορολογικά και ασφαλιστικά την ημέρα της εξόφλησης του τιμολογίου και να προσκομίσει τα εξής: για ποσό άνω των 1.500,00 € φορολογική ενημερότητα, για ποσό άνω των 3.000€ φορολογική και ασφαλιστική ενημερότητα.
Σε περίπτωση που έχουν χαθεί τα πρωτότυπα παραστατικά, και δεν έχουν εξοφληθεί από άλλη πηγή, εξοφλούνται με ακριβή αντίγραφα παραστατικών μετά από διενέργεια ΕΔΕ του Τμήματος / Σχολής.
Σε περίπτωση έκδοσης επιταγής, η παραλαβή επιταγών δι’ αντιπροσώπου, άνδρα ή γυναίκας, θα καθίσταται δυνατή μόνο με έγγραφη εξουσιοδότηση από τον/την δικαιούχο της και επίδειξη της αστυνομικής ταυτότητας του/της εξουσιοδοτούμενου/ εξουσιοδοτημένης.
Για να είναι επιλέξιμες οι δαπάνες που πραγματοποιούνται από τα Εργαστήρια Παροχής Υπηρεσιών του Πανεπιστημίου Πατρών πρέπει να εκδίδεται Τιμολόγιο Αυτοπαράδοσης με επιβάρυνση του ΦΠΑ.
Για αγορές αγαθών ή υπηρεσιών από χώρες της Ευρωπαϊκής Ένωσης δεν καταβάλουμε, στον/στην προμηθευτή/-τρια, ΦΠΑ. Αυτό σημαίνει ότι στο Τιμολόγιο Εξωτερικού (Invoice) δεν θα πρέπει να έχει αναγραφεί αξία ΦΠΑ. Ο ΦΠΑ για τις αγορές αυτές αποδίδεται στην Ελλάδα καθώς υπόχρεος/-η για τη απόδοση είναι ο/η λήπτης/-τρια των αγαθών και των υπηρεσιών και αποτελεί κόστος για το έργο, το οποίο πρέπει να προϋπολογίζεται. Ο ΦΠΑ που αποδίδεται υπολογίζεται με τους συντελεστές που ισχύουν στην Ελλάδα για αντίστοιχα αγαθά ή υπηρεσίες.
Για αγορές κινητών τηλεφώνων, ταμπλετών ηλεκτρονικών υπολογιστών και φορητών υπολογιστών, ο φόρος καταβάλλεται από τον/την αγοραστή/-στρια, υπό την προϋπόθεση ότι αυτός/ -ή έχει δικαίωμα έκπτωσης του φόρου εισροών. Αυτό σημαίνει ότι για αγορά είδους αξίας π.χ. 1.000€ εκδίδεται τιμολόγιο ποσού 1.000,00€ και το έργο επιβαρύνεται με 1.240,00€ (ΦΠΑ 240,00€).