Οι αιτήσεις και τα συνοδευτικά έγγραφα υποβάλλονται αποκλειστικά από τον επιστημονικό υπεύθυνο του έργου ηλεκτρονικά στην Ε.Η.Δ.Ε. Οι αιτήσεις και τα συνοδευτικά έγγραφα μπορούν επίσης να υποβάλλονται στην Επιτροπή Ερευνών του Π.Π., η οποία τα διαβιβάζει στην Ε.Η.Δ.Ε. εφόσον κατά δήλωση του επιστημονικού υπευθύνου, προκύπτουν θέματα αρμοδιότητας της Ε.Η.Δ.Ε.
Ο Γραμματέας της Ε.Η.Δ.Ε. επιβεβαιώνει στον υποβάλλοντα ότι έλαβε την ερευνητική πρόταση, αφού πρώτα διαπιστώσει την πληρότητα των υποβληθέντων δικαιολογητικών και την πρωτοκολλήσει.
Τα μέλη της Ε.Η.Δ.Ε., μόλις λάβουν γνώση της ερευνητικής πρότασης, οφείλουν να ενημερώσουν τον Πρόεδρο και τον Γραμματέα, εάν υφίσταται περίπτωση σύγκρουσης συμφερόντων, η οποία εμποδίζει τη συμμετοχή τους στην αξιολόγησή της.
Ο Πρόεδρος της Ε.Η.Δ.Ε. ορίζει για κάθε αίτηση που υποβάλλεται τουλάχιστον έναν εισηγητή/τρια, κατά προτεραιότητα μέλος της Ε.Η.Δ.Ε., ανάλογα με το επιστημονικό αντικείμενο του ερευνητικού έργου. Εάν το γνωστικό αντικείμενο του έργου δεν μπορεί να καλυφθεί από τα μέλη της Ε.Η.Δ.Ε. ορίζεται εξωτερικός εμπειρογνώμονας, ο οποίος εισηγείται.
Οι συνεδριάσεις της Ε.Η.Δ.Ε. μπορεί να γίνονται εξ αποστάσεως με ηλεκτρονικά μέσα.