1. Οι δαπάνες, εκκαθαρίζονται και εντέλλονται από τη ΜΟΔΥ, βάσει νόμιμων δικαιολογητικών, όπως αυτά ορίζονται από τα Ελληνικά Λογιστικά Πρότυπα (Τιμολόγιο Πώλησης – Τιμολόγιο Παροχής Υπηρεσιών κ.λπ.) που αποστέλλονται από τους Επιστημονικά Υπεύθυνους/Υπεύθυνες και τα οποία αποδεικνύουν την απαίτηση κατά του ΕΛΚΕ.
2. Ο έλεγχος επί των ανωτέρω δαπανών συνίσταται σε έλεγχο νομιμότητας και κανονικότητας αυτών.
3. Νόμιμη είναι η δαπάνη εφόσον: α) προβλέπεται από διάταξη τυπικού νόμου ή κανονιστικής διοικητικής πράξης ή εξυπηρετεί τους σκοπούς του οικείου φορέα και β) υπάρχει εγγεγραμμένη στον Προϋπολογισμό σχετική πίστωση.
4. Κανονική είναι η δαπάνη, που έχει νόμιμα αναληφθεί, επισυνάπτονται τα νόμιμα δικαιολογητικά και η σχετική απαίτηση δεν έχει υποπέσει σε παραγραφή.
5. Κατά τον ασκούμενο έλεγχο εξετάζονται και τα παρεμπιπτόντως αναφυόμενα ζητήματα, με την επιφύλαξη των διατάξεων για το δεδικασμένο και το Ν.Σ.Κ. (παρεμπίπτων έλεγχος).
6. Αν προκύψει διάσταση απόψεων μεταξύ του Προέδρου της Επιτροπής και του ΠΜΟΔΥ του ΕΛΚΕ ως προς τη συνδρομή συνολικά ή εν μέρει των προϋποθέσεων νομιμότητας και κανονικότητας για την πληρωμή μιας δαπάνης, η διάσταση αυτή παραπέμπεται εγγράφως από τον ΠΜΟΔΥ στην Επιτροπή, η οποία αποφασίζει για την ολική ή μερική πληρωμή ή την απόρριψη της δαπάνης. Σε περίπτωση που η Επιτροπή αποφασίσει την πληρωμή της δαπάνης, εκδίδει σχετική εντολή προς τον ΠΜΟΔΥ, ο οποίος την εκτελεί. Επιπλέον, αν ο ΠΜΟΔΥ εξακολουθεί να διαφωνεί ως προς τη συνδρομή των εν λόγω προϋποθέσεων, τότε συντάσσεται έκθεση διαφωνίας, η οποία υποβάλλεται στη Διεύθυνση Κατάρτισης και Συντονισμού Εφαρμογής Δημοσιονομικών Κανόνων και στη Γενική Διεύθυνση Δημοσιονομικών Ελέγχων του Γενικού Λογιστηρίου του Κράτους, συνοδευόμενη από πλήρη φάκελο αντιγράφων των δικαιολογητικών της σχετικής δαπάνης. Στην περίπτωση αυτή, την ευθύνη ως προς τη νομιμότητα της ενέργειας φέρει πλέον ο εντολέας και ο ΠΜΟΔΥ απαλλάσσεται των σχετικών ευθυνών. Η ανωτέρω έκθεση κοινοποιείται στο Ελεγκτικό Συνέδριο, στη Σύγκλητο και τον Πρύτανη του Πανεπιστημίου, καθώς και στην Επιτροπή του ΕΛΚΕ, σύμφωνα με τις διατάξεις των άρθρων 57 παρ. 2 και 58 παρ. 2, περίπτωση (ια) του Ν.4485/2017, καθώς και 26 παρ. 1 του Ν.4270/2014 (Α’ 143).
7. Εάν κατά τον έλεγχο των δικαιολογητικών διαπιστώνονται θεραπεύσιμες ελλείψεις, καλείται από τη ΜΟΔΥ ο Επιστημονικά Υπεύθυνος που τα απέστειλε να τις συμπληρώσει αμελλητί. Ως θεραπεύσιμες ελλείψεις λογίζονται ενδεικτικά η εκ παραδρομής μη προσκόμιση κάποιου δικαιολογητικού, η ανυπόγραφη υποβολή συνοδευτικού εντύπου, τυχόν αριθμητικό σφάλμα στην κατάσταση δαπάνης, κ.ά.
8. Κατά τη διενέργεια του ελέγχου δύναται η αρμόδια για τον έλεγχο υπηρεσία της ΜΟΔΥ να ζητεί κάθε αναγκαία πληροφορία ή στοιχείο
9. Τον έλεγχο ακολουθεί η πράξη εκκαθάρισης επί του αιτήματος πληρωμής, με την οποία προσδιορίζονται τα δικαιώματα των πιστωτών και στη συνέχεια εκδίδεται τίτλος πληρωμής.
10. Κατά τον έλεγχο παρέχεται επίσης η δυνατότητα να εξετάζονται και τα παρεμπιπτόντως αναφυόμενα ζητήματα νομιμότητας πράξεων σχετικών με τη δαπάνη, εάν δηλαδή τα όργανα της Διοίκησης ενήργησαν σύμφωνα με τους καθορισμένους από το νόμο ή τις κανονιστικές αποφάσεις όρους και τύπους και εντός της εξουσίας που τους έχει παρασχεθεί. Ο έλεγχος αυτών των ζητημάτων ασφαλώς δεν συνιστά παρέμβαση στα δικαιώματα του Επιστημονικά Υπεύθυνου καθώς περιορίζεται σε θέματα νομιμότητας αυτών των πράξεων και δεν επεκτείνεται σε θέματα σκοπιμότητας και επιλεξιμότητας των ενεργειών αυτών, οι οποίες αποτελούν αρμοδιότητα του Επιστημονικά Υπεύθυνου/Υπεύθυνης σύμφωνα με την παρ.3 του άρθρου 234 του Ν. 4957/2022 όπως τροποποιήθηκε και ισχύει.