Μία σύμβαση δύναται να τροποποιηθεί ύστερα από έγγραφη συμφωνία των συμβαλλόμενων μερών και έγκριση από την Επιτροπή Ερευνών. Δεν είναι δυνατή η τροποποίηση σύμβασης μετά την παρέλευση της ημερομηνίας ολοκλήρωσής της και παρέλευση του συμβατικού χρόνου.
Η Επιτροπή Ερευνών δύναται, μετά από πλήρως αιτιολογημένη εισήγησή του Επιστημονικά Υπεύθυνου, στην οποία θα περιγράφονται λεπτομερώς τα πραγματικά περιστατικά που συνιστούν σπουδαίο λόγο, δύναται να αποφασίζει την καταγγελία σύμβασης και την μονομερή λύση αυτής. Όλως ενδεικτικά, σοβαρό λόγο συνιστούν η μη τήρηση των συμβατικών υποχρεώσεων, η διακοπή χρηματοδότησης ή εξάντληση πιστώσεων, μεταγενέστερη μεταβολή των όρων χρηματοδότησης κ.λπ. Πριν την καταγγελία της σύμβασης, προηγείται υποχρεωτικά η κλήση σε ακρόαση των δύο μερών από την Επιτροπή Ερευνών.Σε αυτή την περίπτωση, καταβάλλεται το ποσό της αμοιβής για το έργο που θα έχει εκτελέσει ο ανάδοχος μέχρι το χρόνο της καταγγελίας και της μονομερούς λύσης της σύμβασης. Η απόφαση της Ε.Ε. για λύση της σύμβασης, μετά την ανάρτησή στη ΔΙΑΥΓΕΙΑ κοινοποιείται-ανακοινώνεται στον αντισυμβαλλόμενο.