Ο τακτικός έλεγχος της οικονομικής διαχείρισης του Ε.Λ.Κ.Ε., καθώς και ο έλεγχος των χρηματοοικονομικών καταστάσεων, σύμφωνα με τα ΕΛΠ, πραγματοποιούνται κάθε χρόνο από ορκωτό ελεγκτή. Οι δαπάνες του ελέγχου βαρύνουν τον Ε.Λ.Κ.Ε. Με απόφαση του Συμβουλίου Διοίκησης, κατόπιν εισήγησης της Επιτροπής Ερευνών, ορίζεται ο ορκωτός ελεγκτής κάθε οικονομικής χρήσης.
- Ο έλεγχος διενεργείται με βάση τα προβλεπόμενα από τα ΕΛΠ παραστατικά, καθώς και τον Οδηγό Χρηματοδότησης και τις αποφάσεις της Επιτροπής Ερευνών και του Συμβουλίου της Διοίκησης.
- Το διαχειριστικό έτος του Ε.Λ.Κ.Ε. συμπίπτει με το οικονομικό έτος.
- Οι ορκωτοί ελεγκτές που ασκούν τον τακτικό έλεγχο οικονομικής διαχείρισης του Ε.Λ.Κ.Ε. συντάσσουν έκθεση για τη διαχείριση και τον απολογισμό του διαχειριστικού έτους που έληξε σύμφωνα με τα ΕΛΠ. Οι εκθέσεις υποβάλλονται στον Υπουργό Παιδείας και Θρησκευμάτων, τον Υπουργό Οικονομικών, τη Γενική Διεύθυνση Δημοσιονομικών Ελέγχων του Υπουργείου Οικονομικών, το Ελεγκτικό Συνέδριο, το Συμβούλιο Διοίκησης του Πανεπιστημίου Πατρών και στην Επιτροπή Ερευνών του Ε.Λ.Κ.Ε.
- Είναι δυνατή η διενέργεια έκτακτων ελέγχων από τη Γενική Διεύθυνση Δημοσιονομικών Ελέγχων του Υπουργείου Οικονομικών.
- Ο Ε.Λ.Κ.Ε. υπόκειται σε κατασταλτικό έλεγχο από το Ελεγκτικό Συνέδριο, ο οποίος είναι τακτικός – δειγματοληπτικός ή έκτακτος γενικός ή ειδικός ή θεματικός και συνίσταται σε έλεγχο νομιμότητας και κανονικότητας της διαχείρισης.